在民事赔偿协议达成并被告未能履行其赔偿义务时，可以通过申请强制执行或申请破产清算来处理这个问题。根据《中华人民共和国民事诉讼法》，人民可以根据被告的财产状况采取相应的强制措施，如查封、扣押、拍卖等，强制执行被告应履行的赔偿义务。如果被告无力履行赔偿义务，可以向人民申请对被告进行破产清算。破产清算程序中，债权人可以按照法定顺序分得债务人的财产，实现债权。
法律分析
在民事赔偿协议达成并被告未能履行其赔偿义务时，有必要及时采取法律手段来处理这个问题。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，可以采取以下方法：
一、申请强制执行
当被告不履行协议约定的赔偿义务时，可以向人民申请强制执行。人民会根据债务人的财产状况，采取相应的强制措施，如查封、扣押、拍卖等，强制执行被告应履行的赔偿义务。
二、申请破产清算
如果被告无力履行赔偿义务，可以向人民申请对被告进行破产清算。破产清算程序中，债权人可以按照法定顺序分得债务人的财产，实现债权。
结语
在民事赔偿协议达成并被告未能履行其赔偿义务时，及时采取法律手段处理问题尤为重要。根据《中华人民共和国民事诉讼法》，可以采取申请强制执行或申请破产清算的方法来解决被告未能履行协议约定的赔偿义务的问题。人民会根据被告的财产状况采取相应的强制措施或进行破产清算，以强制执行被告应履行的赔偿义务或实现债权。
法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条：“当事人向人民申请强制执行的，人民应当依照本法的有关规定，责令被执行人履行给付金钱义务或者履行其他义务，同时可以对其财产采取查封、扣押、评估、拍卖等强制措施。”
《中华人民共和国破产法》第七十五条：“当事人可以依法向人民申请破产清算。人民应当受理并依法处理。”